El Instituto Interdisciplinario para la Innovación -3i- posee una estructura encabezada por un Director, quien es el responsable de coordinar el equipo de investigadores y profesionales para el desarrollo e implementación de las actividades en sus tres áreas funcionales: Investigación, Formación de Capital Humano Avanzado y Extensión. El Director del Instituto tiene dependencia directa del Vicerrector de Innovación.
La gestión estratégica del Instituto se encuentra bajo la observancia de un Consejo Consultivo compuesto por ocho miembros de los siguientes sectores: académico (2), empresarial (2), institucionalidad pública (2), sociedad civil (2). El Consejo será presidido por el Vicerrector de Innovación de la Universidad de Talca, siendo su secretario ejecutivo el Director del I3. El Consejo Consultivo sesionará, a lo menos, una vez por semestre.
