El Instituto de Innovación basada en Ciencia, dependiente de la Vicerrectoría de Innovación y Transferencia Tecnológica y parte del Convenio de Desempeño en Apoyo a la Innovación Superior, CD Ines, posee una estructura donde balo la figura de su director, destacan las tres principales áreas: Investigación, Apoyo a la I+D+I, y Formación. Además cuenta con áreas de apoyo como gestión y comunicaciones.
